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A l'air, on a vu qu'il était possible d'imager à la résolution atomique des surfaces. Mais ce nombre de surfaces est très très restreint. Il comprend uniquement des surfaces inertes, telles que les surfaces de graphite. Si on considère un substrat de silicium, le silicium à l'air s'oxyde très rapidement. Et il est impossible d'observer le réarrangement atomique de cette surface à l'air libre. Par conséquent, il est nécessaire de travailler dans des environnements sous ultra-vide. Ce qu'on va faire c'est prendre un échantillon de silicium, introduire cet échantillon de silicium dans cette chambre-ci, le préparer, c'est-à-dire essayer de le chauffer à une température assez élevée pour dessorber toute la pollution qu'il y a à sa surface, le chauffer suffisamment également pour pouvoir donner suffisamment d'énergie aux atomes pour qu'ils se réarrangent en surface et avoir donc un arrangement atomique qu'on pourra observer grâce au microscope à effet tunnel. Et, une fois cette préparation réalisée, on prendra notre échantillon et on le transfèrera de cette chambre-ci vers la chambre principale via toutes ces chambres sous ultra-vide.